10 ธันวาคม 2560 – ปัจจุบัน
อ.ดร.โสภณ ผู้มีจรรยา (ผู้รักษาการแทนผู้อำนวยการ) คำสั่ง มศก.ที่ 2352/2560 ลงวันที่ 18 ธันวาคม 2560
13 มิถุนายน 2560 – 9 ธันวาคม 2560
ศ.ดร.พรศักดิ์ ศรีอมรศักดิ์ (ผู้รักษาการแทนผู้อำนวยการ) คำสั่ง มศก.ที่ 1347/2560 ลงวันที่ 20 มิถุนายน 2560
10 มีนาคม 2560 – 12 มิถุนายน 2560
รศ.ดร.สืบสกุล อยู่ยืนยง (ผู้รักษาการแทนผู้อำนวยการ) คำสั่ง มศก.ที่ 433/2560 ลงวันที่ 2 มีนาคม 2560
10 มีนาคม 2556 – ปัจจุบัน
ผศ.ดร.อริศร์ เทียนประเสริฐ (ผู้อำนวยการ) คำสั่ง มศก.ที่ 346/2556 ลงวันที่ 6 มีนาคม 2556
10 มีนาคม 2552 – 9 มีนาคม 2556
ผศ.ดร.อริศร์ เทียนประเสริฐ (ผู้อำนวยการ) คำสั่ง มศก.ที่ 214/2552 ลงวันที่ 17 กุมภาพันธ์ 2552
10 มีนาคม 2548 – 9 มีนาคม 2552
รศ.ดร.สุพรรณี ฉายะบุตร (ผู้อำนวยการ) คำสั่ง มศก. ที่ 320 /2548 ลงวันที่ 9 มีนาคม 2548
10 พฤศจิกายน 2547 – 9 มีนาคม 2548
อาจารย์ ดร.ศุภชัย ศุภลักษณ์นารี (รักษาราชการแทน) คำสั่ง มศก.ที่ 1626/2547 ลงวันที่ 12 พฤศจิกายน 2547
2 กรกฎาคม 2545 – 9 พฤศจิกายน 2547 (ลาออก)
อาจารย์ ดร.ศุภชัย ศุภลักษณ์นารี (ผู้อำนวยการ) คำสั่ง มศก.ที่ 469/2545 ลงวันที่ 8 พฤษภาคม 2545
2 กรกฎาคม 2541 – 1 กรกฎาคม 2545
อาจารย์ ดร.ศุภชัย ศุภลักษณ์นารี (ผู้อำนวยการ) คำสั่ง มศก.ที่ 518/2541 ลงวันที่ 1 กรกฎาคม 2541
19 กันยายน 2540 – 1 กรกฎาคม 2541
ผศ.ลัดดา สุวรรณกุล (รักษาราชการแทน) คำสั่ง มศก. ที่ 922/2540 ลงวันที่ 18 กันยายน 2540
5 กรกฎาคม 2538 – 18 กันยายน 2540 (ลาออก)
ผศ.ดร.นิคม ตังคะพิภพ (ผู้อำนวยการ) คำสั่ง มศก. ที่ 719/2538 ลงวันที่ 20 กรกฎาคม 2538
1 – 4 กรกฎาคม 2538
รศ.คณิต เขียววิชัย (รักษาราชการแทนผู้อำนวยการ) คำสั่ง มศก. ที่ 572/2538 ลงวันที่ 8 มิถุนายน 2538
5 กุมภาพันธ์ 2535 – 30 มิถุนายน 2538 (ลาออก)
นายอุทัย ดุลยเกษม (ผู้อำนวยการสถาบันวิจัยและพัฒนา) คำสั่ง มศก.ที่ 113/2535 ลงวันที่ 5 กุมภาพันธ์ 2535
15 ธันวาคม 2533 – 4 กุมภาพันธ์ 2535
นายนฤมิตร สอดศุข (ผู้อำนวยการโครงการจัดตั้งสถาบันวิจัยและพัฒนา) คำสั่ง มศก. ที่ 1095/2533 ลงวันที่ 12 ธันวาคม 2533
ต่อมาสถาบันวิจัยและพัฒนา ได้รับการจัดตั้งโดยตราพระราชกฤษฏีกา และลงประกาศในราชกิจจานุเบกษา ฉบับพิเศษ ตอนที่ 73 เมื่อวันที่ 26 เมษายน 2534 สถาบันวิจัยและพัฒนาจึงเป็นหน่วยงานที่ถูกต้องตามกฎหมายและถือกำเนิดเมื่อวันที่ 27 เมษายน 2534 อาศัยอำนาจตามความในมาตรา 16(8) และมาตรา 37 แห่งพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยศิลปากร พ.ศ. 2530 โดยอนุมัติสภามหาวิทยาลัยศิลปากร ในการประชุมครั้งที่ 1/2535 เมื่อวันที่ 4 กุมภาพันธ์ 2535 จึงแต่งตั้งผู้อำนวยการสถาบันวิจัยและพัฒนา โดยมีวาระการดำรงตำแหน่ง 4 ปี
15 ธันวาคม 2531 – 14 ธันวาคม 2533
นายนฤมิตร สอดศุข (ผู้อำนวยการโครงการศูนย์วิจัย) คำสั่ง มศก. ที่ 988/2531 ลงวันที่ 15 ธันวาคม 2531
15 ธันวาคม 2529 – 14 ธันวาคม 2531
นายนฤมิตร สอดศุข (ผู้อำนวยการโครงการศูนย์วิจัย) คำสั่ง มศก. ที่ 967/2529 ลงวันที่ 15 ธันวาคม 2529
1 สิงหาคม 2528 – 14 ธันวาคม 2529 (ลาออก)
นายทวีป ศิริรัศมี (ผู้อำนวยการศูนย์วิจัย) คำสั่ง มศก. ที่ 585/2528 ลงวันที่ 8 กรกฎาคม 2528
1 สิงหาคม 2527 – 31 กรกฎาคม 2528
ร.ท.ทวีป ศิริรัศมี (ผู้อำนวยการโครงการจัดตั้งศูนย์วิจัย) คำสั่ง มศก. ที่ 580/2527 ลงวันที่ 19 กรกฎาคม 2527 ต่อมาที่ประชุมคณบดี ครั้งที่ 14/2528 เมื่อวันที่ 2 กรกฎาคม 2528 ได้มีมติให้มีวาระการดำรงตำแหน่งเป็น 2 ปี
1 สิงหาคม 2526 – 31 กรกฎาคม 2527
นายสมประสงค์ น่วมบุญลือ (ผู้อำนวยการโครงการจัดตั้งศูนย์วิจัย) คำสั่ง มศก. ที่ 579/2526 ลงวันที่ 4 สิงหาคม 2526
6 กรกฎาคม 2524 – 31 กรกฎาคม 2526
ผศ.สมประสงค์ น่วมบุญลือ (ผู้ประสานงานโครงการศูนย์วิจัย) คำสั่ง มศก.ที่ 415/2524 ลงวันที่ 6 กรกฎาคม 2524
ที่ประชุมคณบดี ครั้งที่ 15/2526 เมื่อวันที่ 12 กรกฎาคม 2526 ได้มีมติให้ผู้ประสานงานโครงการศูนย์วิจัยคนปัจจุบันดำรงตำแหน่งต่อไปอีกเป็นเวลา 1 ปี นับตั้งแต่วันที่ 1 สิงหาคม 2526 เมื่อครบกำหนดแล้วให้มีการสรรหาผู้ดำรงตำแหน่ง โดยกำหนดวาระการดำรงตำแหน่ง 1 ปี แต่ถ้าเมื่อใดมีการประกาศใช้พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยฉบับใหม่ ก็ให้ยกเลิกมติดังกล่าว และดำเนินการสรรหาผู้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการศูนย์วิจัย โดยมีวาระการดำรงตำแหน่งที่ระบุไว้ในพระราชบัญญัติฯ
11 มีนาคม 2524 – 5 กรกฎาคม 2524
ผศ.ลิขิต กาญจนาภรณ์ (ผู้ประสานงานโครงการศูนย์วิจัย) คำสั่ง มศก.ที่ 139/2524 ลงวันที่ 11 มีนาคม 2524